I det 21. århundrede er grænsen mellem menneske og maskine i opløsning.  Mennesker forbedres med mekaniske implantater og robotter opgraderes med menneskeligt væv. Cyborg superagenten, Major Motoko Kusanagi, får til opgave at opspore de farligste terrorister og cyber-kriminelle. F.eks. Spøgelses-hackere der er istand til at udnytte menneske/maskine interfaces ved at re-programmere den menneskelige hjerne til at agere som en marionetdukke og udføre kriminelle handlinger.

Da Major Kusanagi støder på et cyber-spor af en "master hacker" ledes hun ind i en verden hinsides information og teknologi, hvor selve bevidsthedens natur og den menneskelige sjæl vendes på vrangen.

Reserver Ghost In The Shell her.